
SENACYT fue creada por el decreto ejecutivo No. 108 del 14 de septiembre de 1992, como un organismo descentralizado, adscrito a la Presidencia de la República de Panamá. Las oficinas de la Secretaría se encontraban en la Presidencia y el trabajo que allí se realizaba recibía apoyo de la Unidad de Ciencia y Tecnología del Ministerio de Planificación y Política Económica (actualmente Ministerio de Economía y Finanzas).
En abril de 1993, una comisión de Ciencia y Tecnología formada por nueve personas, presentó ante el entonces presidente de la República, Guillermo Endara, una terna para escoger al nuevo Secretario Nacional de SENACYT. Los postulados fueron: Dr. Octavio E. Souza, Dr. Reinmar Tejeira y Dr. Modaldo Tuñón. De los tres candidatos fue elegido el Dr. Reinmar Tejeira como el primer Secretario Nacional de Ciencia y Tecnología.
Unos años más tarde, y ya bajo el mandato presidencial de Ernesto Pérez Balladares, se establece la ley 13 de 15 de abril de 1997, la cual dicta los lineamientos e instrumentos para el desarrollo de la ciencia, la tecnología y la innovación. Esta ley supuso la creación formal de SENACYT y definía sus funciones. La ley 13 también creó el Consejo Interministerial de Ciencia, Tecnología e Innovación (CICYT), cuya labor es establecer una coordinación operativa y eficiente entre SENACYT y los órganos de la administración del Estado a cargo de la dirección de sectores específicos de la vida nacional.
Igualmente, la Ley 13 estableció la Comisión Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación (CONCYT), cuya labor consiste en obtener una amplia participación de los diversos sectores de la sociedad panameña en la labor que realiza SENACYT.
A finales de 2005, la Ley 13 de 15 de abril de 1997 fue modificada por la ley 50 del 21 de diciembre de 2005. Con esta nueva disposición, SENACYT se convirtió en un organismo autónomo, con personería jurídica y patrimonio propio, sujeto a la orientación y política general del Órgano Ejecutivo. La autonomía garantiza la libertad en su gestión financiera y técnica en su régimen interno, en el manejo de su patrimonio y en el ejercicio de sus funciones.
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| Dr. Ceferino Sánchez | Dr. Reinmar Tejeira |
Además del Dr. Reinmar Tejeira (1992-1994), han sido Secretarios de SENACYT, el Dr. Ceferino Sánchez (1994-1999), el Dr. Gonzalo Córdoba (1999-2004) y el Dr. Julio Escobar (2004-2009).
Edificio 233