La Oficina del Secretario Nacional juega un papel de articulación de los esfuerzos de las demás direcciones a la vez que representa a la Secretaría en diversas instancias externas. La Secretaría además de coordinar y ejecutar las acciones que determina el Órgano Ejecutivo para el desarrollo de la ciencia, la tecnología y la innovación también funge como asesor director del Gobierno en materia científica y tecnológica. Esta última función es realizada y coordinada desde la Oficina del Secretario.
En el ámbito de la educación, el Secretario hace parte de la Comisión Presidencial de Educación.
El Secretario también funge como Director Ejecutivo del proyecto “Conéctate al Conocimiento”, cuyo principal objetivo es establecer una red nacional de conocimiento y colaboración entre las escuelas participantes, creando una comunidad de aprendizaje. Además, trata de modificar las maneras tradicionales de aprendizaje para fomentar la construcción de conocimiento frente a las tradicionales técnicas de memorización de información.
Por último, el Secretario Nacional es integrante de la Comisión Ministerial de Innovación y Competitividad.
Edificio 233