El siguiente paso en el esquema de participación previsto en el Sistema Nacional de Ciencia y Tecnología es la Comisión Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación (CONCYT), presidida por el Secretario Nacional e integrada por cinco representantes del sector gubernamental, cinco del sector académico y cinco del sector privado.
La Comisión es fundamental en el asesoramiento al Secretario Nacional, en la identificación de oportunidades para el desarrollo de industrias de alta tecnología en el país, en la búsqueda de fuentes de financiación para el desarrollo de proyectos de los diversos sectores relacionados, en tender puentes de entendimiento y coordinación entre los sectores público y privado.