Todo el sistema de Ciencia, Tecnología e Innovación de Panamá parte de dos principios básicos: integralidad y trasversalidad. Es decir, los promotores y gestores de estos ejes estratégicos en el país son muchos pero deben trabajar de manera coordinada (integralidad) e insertando la innovación y el desarrollo científico y tecnológico como componentes destacados en todas sus acciones (trasversalidad).
Para lograr esta eficiencia y coordinación, el Gobierno emitió el 21 de octubre de 2004 el Decreto Ejecutivo Nº 178 por el que creaba la Comisión Interministerial de Ciencia, Tecnología e Innovación (CICYT). La CICYT está presidida por el Secretario Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación, Rubén Berrocal, y en ella participan los ministros de Educación, Salud, Comercio e Industrias, Desarrollo Agropecuario, Economía y Finanzas y Presidencia. Las funciones de este Consejo, recogidas en la Ley 13 de 1997, modificada posteriormente por la Ley 50 de 21 de diciembre de 2005, son las siguientes: